これはトマトが生育中に何らかの原因で実の表面にキズがついた跡と思われます。
通常は成長するにつれトマト自身がキズを直し、場合によってはコブの様な跡になります。
しかしながら天候（日照不足や多雨）の影響により、
きれいに回復することが出来ずにこのような状態になったと思われます。